Không quá bất ngờ khi 90D vẫn dùng pin lithium-ion LP-E6N truyền thống, với thời lượng chụp 1300 lần sau mỗi lần sạc đầy và chụp qua kính ngắm (theo CIPA). Ở live view máy có thể chụp tầm 450 lần. Để dùng thêm pin hoặc để cầm máy thoải mái với các ống kính lớn, Canon có tùy chọn báng BG-E14, không có thêm joystick.